Spagna, 1944. Ofelia affonda il suo naso in un libro di favole mentre lei e la sua fragile madre incinta Carmen vengono condotte nella campagna spagnola sulla via della tenuta del nuovo marito della donna, il capitano Vidal dell'esercito di Franco. Sebbene la Guerra civile spagnola sia ufficialmente conclusa, sacche di resistenza al regime fascista permangono nelle aree rurali, e l'unità di Vidal è incaricata di stanarle. Per Carmen, vedova, il matrimonio rappresenta l'ultima possibilità di sicurezza. Ma Ofelia è diffidente e fatica a conformarsi alla disciplina del violento capitano; nei boschi intorno alla casa, scopre un intricato labirinto di pietra, dove un fauno le consegnerà tre prove da superare.
