Il capitano Kirk perde la vita durante uno scontro con una misteriosa astronave lemuriana, guidata dal temibile Nero, proprio il giorno della nascita del suo primogenito. Coraggioso e leale, Kirk sacrifica l'Enterprise per salvare le navicelle di salvataggio. Anni dopo suo figlio James Tiberius Kirk, scavezzacollo e sempre pronto a commettere atti di sfrontatezza, si trova a studiare nell'accademia stellare, con ottimi voti e capacità. Quando gli dicono che una nuova Enterprise è pronta per affrontare la ricerca nello spazio e le minacce aliene alla Terra, lui trova il modo di essere reclutato sulla nave, grazie al suo amico dottor McCoy. Peccato che si troverà a scontrasi con l'ufficiale designato al comando Spock, che non lo vede di buon occhio, anche se incontrerà vari amici come il guardiamarina Cechov, Sulu e il genio della meccanica Scott. Intanto, però, la nemesi di suo padre, mossa da un terribile desiderio di vendetta, riappare minacciosa.
